بمبادرة من قبل خادم الحرمين الشريفين الملك سلمان بن عبد العزيز ، بعد ملاحظة زيادة عدد مرضى الفشل الكلوي الراغبين في السفر إلى خارج المملكة لتلقي العلاج لإجراء عمليات زراعة الكلى، ونظراً لما يتكبده هؤلاء المرضى ومرافقيهم من العناء و مشقة السفر وطول الانتظار ،إضافة إلى التكاليف الباهظة التي تنفقها الدولة على العلاج فقد رأى حفظه الله أن ينشأ مركز وطني تكون مهمته الأساسية متابعة مرضى الفشل الكلوي بكافة جوانبها وتطوير برنامج وطني لزراعة الكلى و الأعضاء الأخرى ،وقد لاقت مبادرته حفظه الله النجاح من خلال إنشاء المركز الوطني للكلى بصدور الأمر السامي الكريم رقم 7/1561/م الموافق 19/5/1404هـ.
الأهداف العامة للمركز السعودي لزراعة الأعضاء هي وضع السياسة العامة المؤدية إلى رفع مستوى الخدمات الصحية الوقائية و العلاجية المقدمة للمواطنين في مجال فشل الأعضاء النهائي ووضع السياسة موضع التنفيذ بالتعاون مع الجهات المعنية بزراعة الأعضاء في المملكة العربية السعودية.